クラスタスキャンにはどれくらい時間がかかりますか？

クラスタスキャンはデータ領域を解析しながら進みますので、非常に時間がかかります。
クラスタスキャンの処理時間は、ハードディスクの物理的な劣化やデータの断片化などのいろいろな状況に左右されますので一概には言えません。

また、不良セクタが多かったり、読み取りエラーが頻発していたり、あるいはデータの整合性が著しく悪い等、破損が進行しているディスクの場合、クラスタスキャンが停止することもあります。

参考までに、40GBのハードディスクをスキャンしたときに3時間かかる場合は、正常な範囲と言えます。