Cドライブ以外のドライブにインストールしたアプリケーションについて

いいえ、できません。

「ファイナルパソコン引越し」はコンピュータの一般的なルールに従って所定の場所にデータを引越しさせるソフトウェア製品です。移行したいアプリケーションは、一般的なインストール先であるCドライブにインストールされる必要があります。